Tem como missão, auxiliar no processo de consolidação dos princípios e diretrizes do Sistema Único de Saúde – SUS, atuando junto às unidades descentralizadas e regionalizadas de saúde, agregando conhecimentos aos processos de gestão da atenção, à pesquisa científica e à qualificação educacional.
O objetivo principal do CEPABS consiste em qualificar a Atenção Básica à Saúde, proporcionando aos recursos humanos inseridos na Estratégia de Saúde da Família, treinamento e capacitação para o melhor desempenho de suas atividades, qualificando assim, o sistema de saúde e as políticas que o sustentam.
Trabalhando simultaneamente em três dimensões distintas, ensino-pesquisa e extensão, destacam-se ainda como objetivos desta interação:

colaborar direta e indiretamente, na formulação de soluções para os problemas de saúde apresentados pela comunidade, articulando atividades interdisciplinares de ensino, pesquisa e extensão na área da Atenção Básica à Saúde,
prestar serviços de consultoria, assessoria e educação permanente em saúde, buscando parcerias que permitam ampliar o escopo de discussões, e por conseguinte, da construção coletiva de estratégias resolutivas em saúde;
incentivar e desenvolver pesquisas de caráter multidisciplinar, cujo objeto de estudo atenda às necessidades de saúde comunitárias mais prevalentes, produzindo conhecimentos no campo científico e tecnológico da Atenção Básica à Saúde;
contribuir na elaboração, execução, acompanhamento e avaliação das políticas públicas de saúde;
incentivar a revisão de protocolos adequados para a atenção básica e às necessidades do SUS;
regular a inserção dos alunos na rede de atenção básica, onde estes cenários alternativos de práticas conduzirão o próprio processo de aprendizagem discente.
Fomentar projetos de geração e aplicação de tecnologia e de cooperação técnica na área da Atenção Básica à Saúde;